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1、EB(溴化乙錠)
溴化乙錠是一種高度靈敏的嵌入性熒光染色劑，為強致癌誘變劑，但價格便宜。它與DNA的結合幾乎沒有堿基序列特異性。在高離子強度的飽和溶液中，大約每2.5個堿基插入一個溴化乙錠分子。EB的這種特性使其成為一種核酸染料，常用于瓊脂糖凝膠電泳中的核酸染色。溴化乙錠在紫外區302nm和366nm處有吸收峰，在紫外光的照射下，溴化乙錠可被激發出橙紅色的熒光(590nm)。結合有DNA的溴化乙錠復合物的熒光強度要比沒有結合DNA的染料高出20-30倍，因此溴化乙錠可檢測到少至10ng的DNA條帶，非常靈敏。
2、Gel Green和Gel Red
由Biotium公司研發推出的EB替代染料，染色效果和EB差不多，在紫外下不容易淬滅，可以用于膠回收。但價格較貴。
GelRed 和 GelGreen 是兩種集高靈敏、低毒性和超穩定性于一身的的熒光核酸凝膠染色試劑。其水溶染色劑通過美國環保局安全認定，廢棄物可直接倒入下水道，而不會造成任何環境污染。其特點有：
1)高靈敏度：GelRed 和 GelGreen 是目前市場中靈敏的凝膠核酸染料之一;
2)穩定性*：可以使用微波爐加熱，可以在室溫下保存;
3)更安全：艾姆斯氏試驗結果表明，該染料的誘變性遠小于溴化乙錠(EB);
4)廣泛的適應性：適用于預制凝膠和凝膠電泳后染色;
5)染色過程簡單：與EB一樣，在預制膠和電泳過程中不必擔心染料降解;而電泳后染色過程也只需30分鐘且無需脫色或沖洗;
6)對 DNA 和 RNA 的遷移影響小：對核酸遷移的影響小于 SYBR Green I?;
7)與標準凝膠成像系統以及可見光激發的凝膠觀察裝置兼容：使用 312nm 激發的 UV 凝膠成像系統時，GelRed 可以的替代EB;使用 254nm 激發的 UV 凝膠成像系統或可見光激發的凝膠觀察裝置時，GelGreen 足以替代任意一種 SYB染料。但該染料會使小片段DNA遷移慢一些(與EB相比).
3、Gold View I型/II型
Goldview對于大片段DNA的染色效果良好，但是在對于500bp以下的片段效果不是很好，還有一個很致命的弱點是它的熒光基團在紫外燈下非常容易淬滅，一般5-10min條帶就會消失。另外Goldview不適用于膠回收。Goldview其實就是AO(丫啶橙，一種劇毒產品)且熒光效果遠不如EB，靈敏度差，本底色嚴重，不利用于回收，不穩定，在紫外燈下其誘導突變能力*
4、SYBR Green 和SYBR Gold
穩定性差，也有毒性。它屬于花箐素類核酸染料，花箐類染料不是無毒的，而只是低毒的，電泳級別的是經過修飾的，修飾有三種：1.加入鹵素或氰基。2.插入環羥基。3.加入穩定劑。SYBR Green I是高靈敏的DNA熒光染料，適用于各種電泳分析，操作簡單：無須脫色或沖洗。至少可檢出20pg DNA，高于EB染色法25-100倍。SYBR Green I 與dsDNA 結合熒光信號會增強800-1000倍，用SYBR Green I染色的凝膠樣品熒光信號強，背景信號低。SYBR Green和SYBR Gold相對于EB的穩定性要差很多。SYBR系列的染料也能進入細胞染色線粒體以及核內的DNA，從而產生危害。SYBR Green I已被證實在紫外光下將會產生強誘變能力，使DNA或其他物質發生突變。
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